船用卫生单元通常配备有高效的通风系统，该系统能够不断引入外界的新鲜空气，并将其与卫生单元内的空气进行交换，从而保持空气的清新和流通。这对于长时间在封闭环境中生活的乘客或船员来说尤为重要，有助于减少因空气不流通而产生的憋闷感和异味积累。通风系统的有效运作可以明显降低异味浓度，提供一个更为舒适和健康的环境。
一些质优的船用卫生单元还设计了专门的排气和换气机构。例如，设置排气扇以排出卫生单元内的异味气体，避免异味气体一直停留在卫生单元内部导致空气异味积累。同时，换气机构利用换气扇将外界新鲜空气经过除味棉板过滤处理后，输送进入卫生单元内部，与排气机构形成气体循环，进一步改善卫生单元内部的空气状况，消除异味。
定期的清洁与消毒是保持船用卫生单元无异味的关键。清洁工作应包括清除垃圾、刷洗马桶、清洁洗手池和淋浴间、擦拭墙壁和地面等步骤。在完成所有清洁工作后，应使用消毒剂对卫生单元进行全面消毒处理，以杀灭细菌、病毒等微生物，减少异味的产生源头。
保持卫生单元的干燥也是防异味的重要措施。湿气容易滋生霉菌和细菌，对乘客或船员的健康构成威胁，同时也会产生异味。因此，通风系统在设计时应考虑除湿功能，通过降低湿度来减少霉菌和细菌的生长环境，从而保持卫生单元的清洁和卫生。
在船用卫生单元的材料选择和设计上，也应考虑防异味的需求。例如，选择耐腐蚀、易清洁的材料，避免使用易产生异味的材料。同时，合理的设计布局也有助于减少卫生死角，便于清洁和维护，从而降低异味的产生。
