船用卫生单元的设计要严格依据相关的规范要求来进行结构设计，对于卫生单元的实际使用荷载，需要给予足够的重视。特别是部分地段有着较大的集中荷载，如厕所墩台。隔断墙等，需要对梁支撑合理设置。通常按照120毫米到150毫米的标准来设置卫生单元板的厚度，促使刚度得到强化。避免因为没有均匀的地基与荷载作用或者误差变化等，影响到卫生单元，同时，混凝土板的抗渗能力也可以得到有效提高。
一般需要将上下双层横直网筋配置于板筋，这样在施工过程中，钢筋位置也不会出现错误，要按照150毫米以下的标准来控制网筋间距。
在建筑设计过程中。在布置卫生单元的时候，尽量需要缩短其与室外排污总管道或化粪池之间的距离，对底层地面水平管的排污长度进行减少。要对上下管道的配置数量进行适当增加，一般每一个蹲位都需要有一条排污管。井且对排污管径进行适当的加大，要保证其在150毫米以上。如果条件具备的话，还可以增加设置一条排污水管，专门对手盆、浴缸以及地面积水等进行排设。
